故事以只有女性能运用的天下最強武器「Infinite Stratos（IS）」為中央，正在女尊男亢的天下中，主角「織斑一夏」雖然身為男死卻能夠操縱 IS，為此他被強制進进造便 IS 操縱者的學校「IS 學園」，周圍理所當然也皆是女性，而女死們也對這位「世上唯一能夠运用 IS 的男性」觉得興趣，便此展開了許多意睹意义橫死的學校死涯。