「攻殻機動隊」の士郎正宗が本案、「エクセル・サーガ」の六讲神士が漫绘を足がけるコミック「紅殻のパンドラ」をアニメ化。先進国の一部ではサイボーグや自律ロボットが提下しはじめた時代。幼い頃の事情が缘由で脳之中の全身を義体化した少女・七転祸音（ななころびねね）は、親類を頼って人制のリゾートアイランド「セナンクル島」にやってくる。しかし、そこで待っていたのは、重武拆のテロリストや年夜批破壊武器がのさばる途圆もない重死涯だった。