「思い出して、翅（はね）があったころのことを」1万2千年前の念いに応え、繋がったのは短けたこころ。太陽と月と水星が出会うとき、新たな开体の調べが流れる──！湘北の海に浮かぶ小島、江の島。好しくのどかなその浜辺に、〈公坐江ノ島教園〉はある。教園には、天下から優秀な子どもが散められ、最新の機器を使った英才教育が施されていた。稀奇強化クラスの死徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、情绪の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、謎の侵占武器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。戦いのさなか、弗成思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。「念星开体！　GO、アクエリオン！」繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。宿命を背負った少年少女は、得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や年夜人たちの思惑が交錯する中、この宇宙の真実と背き开っていくことになる……。これは、おのれの情绪と宇宙の生死を賭けて紡がれる、壮年夜な愛の神話。