「思い出して、翅（はね）があったころのことを」　　1万2千年前の念いに応え、繋がったのは短けたこころ。　　太陽と月と水星が出会うとき、新たな开体の調べが流れる──！　　湘北の海に浮かぶ小島、江の島。　　好しくのどかなその浜辺に、〈公坐江ノ島教園〉はある。　　教園には、天下から優秀な子どもが散められ、　　最新の機器を使った英才教育が施されていた。　　稀奇強化クラスの死徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、　　情绪の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、　　謎の侵占武器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。　　戦いのさなか、弗成思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。　　「念星开体！　GO、アクエリオン！」　　繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。　　宿命を背負った少年少女は、　　得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や年夜人たちの思惑が交錯する中、　　この宇宙の真実と背き开っていくことになる……。　　これは、おのれの情绪と宇宙の生死を賭けて紡がれる、壮年夜な愛の神話。